生信第二步-ubuntu上安装单细胞3大包

前面通过看jimmy的公益视频以及自己的尝试和摸索，已经成功搭建了自己的生信分析环境，上一篇投稿见：

这次，是我的第二篇投稿：生信第二步-ubuntu上安装单细胞3大包。同样的跟着jimmy的公益视频一步步完成任务！

感兴趣的，拉到文末，点击阅读原文，值得免费公益教学视频！

由于R，Rstudio，Shiny都已经安装好了，那么我就直接进入服务器，进行安装。人在墙外，因此无需设置cran repos和Bioc_mirror（其实人在哪无所谓，关键是云服务器在哪）

R #启动R，这是一个啥也没装的R
install.packages("BiocManager")

BiocManager::install("scater")

直接报错，我们跟着jimmy教程的思路，可能是linux的库文件缺失，检查发现，是没有安装Java的，如下

java -version # 查看是否安装

cat /etc/issue # 查看ubuntu的版本号
# Ubuntu 18.04.4 LTS \n \l

sudo apt update # 更新本地软件包
# 111个packages可以安装
sudo apt-get dist-upgrade # 升级

scater

开始安装java

sudo apt install default-jre # 安装OpenJDK

java -version # version 11.0.6

sudo apt install default-jdk

javac -version # 检查Java编译器的javac版本，来验证是否已安装JDK
# javac 11.0.6

# 进入R，安装scater
R

BiocManager::install('scater') # 报错
------------------------- ANTICONF ERROR ---------------------------
Configuration failed because openssl was not found. Try installing:
 * deb: libssl-dev (Debian, Ubuntu, etc)
 * rpm: openssl-devel (Fedora, CentOS, RHEL)
 * csw: libssl_dev (Solaris)
 * brew: openssl@1.1 (Mac OSX)
If openssl is already installed, check that 'pkg-config' is in your
PATH and PKG_CONFIG_PATH contains a openssl.pc file. If pkg-config
is unavailable you can set INCLUDE_DIR and LIB_DIR manually via:
R CMD INSTALL --configure-vars='INCLUDE_DIR=... LIB_DIR=...'
--------------------------------------------------------------------
ERROR: configuration failed for package ‘openssl’
* removing ‘/home/ubuntu/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.6/openssl’

The downloaded source packages are in
    ‘/tmp/RtmpWg4YTU/downloaded_packages’
Warning message:
In install.packages("openssl") :
  installation of package ‘openssl’ had non-zero exit status

这里尝试先安装openssl，再安装scater

但是还是提示同样的错误 - Configuration failed because openssl was not found

如何解决呢，参考了stack overflow的一个帖子，帖子里第一种方法不可行，但是第二种是可行的

# 先退出R，运行以下代码
sudo apt-get install libssl-dev
# 之后，再次进入R，安装openssl提示成功，进而安装scater也没有阻碍

Seurat

同样的，安装Seurat还是报错

解决的方法同scater，这里我有个疑问，因为忘了存图了，因此只能文字描述了：

在server上已经安装好了miniconda，但是安装seurat的时候，提示没有安装python，进而提示安装miniconda

感觉不是很理解，不知道有没有朋友知道是为啥

monocle

BiocManager::install("monocle")

# 直接上错误信息
ERROR: configuration failed for package ‘XML’

直接上解决方案

# 先退出R，运行以下代码
sudo apt-get update 

sudo apt-get install libxml2-dev
# 之后，再次进入R，安装XML提示成功，进而安装monocle，最终安装成功

OK！全部搞定，可以开始分析了

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